La storia del gioco è ambientata in un futuro non troppo lontano. Cinque “Black Points” sono improvvisamente apparsi nel mondo come portali per dei mondi paralleli. Subito dopo, strane creature hanno iniziato la loro invasione tramite questi portali. Queste creature sono gli abitanti di 5 mondi – gli stessi mondi ma in periodi diversi. Per assicurare il proprio futuro, ognuna delle 5 invasioni cerca di eliminare l’altro futuro. La chiave è un dispositivo a forma di card.
Il gioco Z/X Zillions of enemy X ha già ispirato una serie televisiva nel 2014. Il gioco di carte ha anche ispirato un gioco per Playstation 3, e uno per PC e una precedente serie manga sul magazine V Jump.