In Brian – pet evolution bisogna prendersi cura di un piccolo e dolce blob a forma di cervello, cercando di soddisfare tutti i suoi bisogni primari. Il giocatore, che non sarà altri che il genitore di Brian, dovrà nutrirlo, seguendo un rigido schema alimentare, lavarlo, metterlo a dormire e giocare con lui quando si annoia, esattamente come farebbe con un cucciolo vero.
La differenza con la realtà? Il piccolo blob è il protagonista di un esperimento: è possibile iniettare nel cucciolo DNA estraneo, che consentirà la crescita di ali, di braccia o di gambe.
Mano a mano che si avanza nel gioco, si sommano due fattori: la crescita di Brian, che vuole diventare un blob adulto, e le mutazioni che esso subisce. Mani di un bambino, zampette di gallina, ali di pipistrello, il piccolo Brian potrà assimilare ognuno di questi DNA, cambiando mano a mano la propria natura in positivo o in negativo.
Sebbene all’inizio Brian sia un cucciolo di cui prendersi cura, mano a mano che si prosegue nel gameplay diventa una mera cavia, qualcosa che può morire ed essere sostituita da un altro blob identico a quello precedente. Da qui sorge un dubbio per il giocatore: è lecito sperimentare su Brian?
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